祭神は月読命
月山神社の祭神は月読命（つくよみのみこと）です。月山は古くから神聖な山として信仰され、神仏習合の時代には、月山神の本地仏を阿弥陀如来とする信仰が広まりました。
これは東北地方の月山信仰を特徴づける要素のひとつで、浄土教の広まりとともに阿弥陀如来への信仰が月山にも取り入れられたと考えられています。また、室町時代までは月山の神を八幡大菩薩とする考え方もありました。
蜂子皇子にまつわる創建伝承
社伝によると、崇峻天皇の第三皇子である蜂子皇子が、推古天皇元年（593年）に羽黒山を開山し、同じ年に月山も開山して当社を建立したと伝えられています。
蜂子皇子は、この地の人々を助けながら暮らし、その功績から「能除仙」と呼ばれるようになったと伝えられています。ただし、史料をもとにした考察では、能除仙と蜂子皇子が同一人物であることを裏付ける確かな根拠はないとされています。
古代の記録に見る月山神
月山神の存在が史料上で初めて確認できるのは、宝亀4年（773年）の『新抄格勅符抄』です。同年10月の記録には、月山神に神封2戸が寄せられたことが記されています。
その後、『日本三代実録』にも月山神に関する記事がたびたび登場し、神階の昇叙を受けるなど、古代から朝廷に重視されていたことがうかがえます。
『日本三代実録』に記された主な出来事
貞観6年（864年）2月5日：出羽国の正四位上勲六等月山神が従三位に昇叙されました。
貞観10年（868年）4月15日：出羽国から、月山神社と大物忌神社の前に石鏃6枚が雨のように降ったとの報告がありました。
貞観18年（876年）8月2日：従三位勲六等月山神が正三位に昇叙されました。
元慶2年（878年）7月10日：月山神と大物忌神に、それぞれ神封2戸が加増されました。
元慶2年（878年）8月4日：大物忌神が勲三等、月山神が勲四等へと昇叙されました。
元慶4年（880年）2月27日：月山神と大物忌神が、ともに従二位へ昇叙されました。
仁和元年（885年）11月21日：出羽国秋田城内や飽海郡神宮寺西浜に石鏃が降ったとされる出来事が記録されています。陰陽寮は陰謀や兵乱の前兆とし、神祇官は諸神への不敬による祟りと判断したとされ、国司に対して神々を丁重に祀り警固するよう命じられました。
『延喜式』に記された名神大社
延長5年（927年）に成立した『延喜式神名帳』では、月山神社は名神大社に列せられました。また、『延喜式』の「主税式」には、月山神と大物忌神の祭祀料として、国家から2,000束が支給されたことが記されています。
修験道の聖地として栄えた月山
平安時代から明治時代まで続いた山岳信仰
平安時代中期から明治時代の神仏分離まで、月山は出羽三山の一角として修験道の重要な道場となりました。険しい山々を舞台とした修行の場として、多くの修験者が訪れ、独自の山岳信仰が育まれていきました。
戦国時代の動乱と月山
戦国時代から安土桃山時代にかけては、武藤氏、上杉氏、最上氏などの戦国大名からさまざまな干渉を受けました。
特に最上義光が庄内平野へ侵攻した際には月山を越えたため、御室が荒らされ、仏像や神宝が略奪されたと伝えられています。一方、関ヶ原の戦い後に庄内や由利を領有した最上義光は、出羽三山を取り込むため、羽黒山や月山の修理・再建を行いました。
江戸時代の出羽三山信仰
江戸時代に入っても、出羽三山は修験道の聖地として広く信仰を集めました。多くの人々が山々を巡礼し、月山もその重要な目的地のひとつとなりました。
松尾芭蕉も訪れた月山
元禄2年（1689年）には、俳人の松尾芭蕉が出羽三山を訪れています。その旅の記録は紀行文『おくのほそ道』にも残され、月山を詠んだ句も記されています。
明治の神仏分離とその後
明治元年（1868年）に神仏分離令が出されると、出羽三山も大きな変化に直面しました。廃仏毀釈の影響によって、多くの仏像や仏具、経巻などが破壊されたり、各地へ散逸したりしました。
さらに、明治5年（1872年）には修験宗廃止令が出されましたが、山伏たちの努力によって出羽三山の信仰はその後も受け継がれていきました。
近代社格制度で官幣大社へ
明治7年（1874年）、月山神社は近代社格制度によって国幣中社に列せられました。その後、明治18年（1885年）に官幣中社、大正3年（1914年）には官幣大社へと昇格しました。
昭和23年（1948年）には、神社本庁が包括する別表神社となっています。
出羽三山神社とのつながり
昭和29年（1954年）には、月山神社・出羽神社・湯殿山神社を合わせた宗教法人として出羽三山神社が組織され、羽黒山に三神合祭殿が置かれました。
現在も月山神社は、羽黒山の出羽神社、湯殿山の湯殿山神社とともに「出羽三山」を構成する重要な信仰の場です。霊峰・月山の自然と長い歴史の中で育まれてきた山岳信仰を今に伝える、山形を代表する歴史文化スポットです。